Il funzionamento di base degli agroecosistemi non si discosta da quello dei sistemi naturali: è il sole a fornire l'energia; le colture convertono tale energia in biomassa, funzionando da centrali solari. Parte di questa biomassa, e quindi di energia, viene recuperata sotto forma di sostanza organica . Ritornando, cioè, al sistema come residuo colturale e subendo il processo di mineralizzazione microbica, essa diviene nuovamente disponibile nei successivi cicli colturali. Analogamente, soprattutto in determinati tipi di aziende, le deiezioni animali possono essere utilizzate per reintegrare la fertilità del sistema.

Nell'agroecosistema l'allontanamento delle biomasse vegetali ed animali sotto forma di prodotti agrari, provoca una perdita di energia e materia tale da limitare la capacità del sistema di autosostenersi.

Nell'azienda biologica, lo studio dell'agroecosistema è finalizzato alla risoluzione di varie problematiche gestionali. Pertanto è stato identificato l'agroecosistema con l'azienda agraria. Tale approccio, risulta utile dal punto di vista pratico. E' infatti a livello di azienda che l'agricoltore, attraverso le pratiche colturali e l'inserimento nello spazio e nel tempo di piante ed animali, modifica l'ecosistema agricolo adattando, comunque, le sue scelte al sistema economico esterno che condiziona l'intensità degli input ed output dell'agroecosistema.